Ugledni hrvatski kardinal Franjo Šeper bio je jedini Hrvat koji je bio na čelu Kongregacije za nauk vjere i to gotovo 14 godina u važno doba nakon Drugog vatikanskog koncila, kad su u Crkvi provođene mnoge reforme.
Kongregacija za nauk vjere (lat. Congregatio pro Doctrina Fidei) najstarija je od 9 kongregacija Katoličke Crkve i jedna od najaktivnijih. Ta Kongregacija sve do 1904. godine nazivala se Inkvizicijom.
Ona ima i svojevrsno prvenstvo među svim kongregacijama, a kardinal koji joj je na čelu ima titulu prefekta i uživa ugled jednog od najutjecajnijih članova Crkve. Šeper je bio prvi prefekt te kongregacije (prije njega sami su pape držali položaj prefekta stotinama godina, zbog važnosti te Kongregacije za Crkvu).
Nakon kardinala Šepera novim je prefektom postao kardinal Joseph Ratzinger (kasnije izabran za papu kao Benedikt XVI.).
Šeper je pohađao je Klasičnu gimnaziju u Zagrebu te ju je završio 1924. godine. Teologiju je studirao u Zagrebu i Rimu. Kao pitomac Papinskog zavoda Germanicum et Hungaricum doktorirao je na Gregoriani. Od 1941. do 1945. bio je rektor Bogoslovnog fakulteta u Zagrebu, od 1954. zagrebački nadbiskup koadjutor, a od 1960. nadbiskup.
Bio je dugogodišnji zagrebački nadbiskup prije svog postavljanja na čelo Kongregacije za nauk vjere. Na čelu zagrebačke nadbiskupije zamijenio je preminulog Alojzija Stepinca 1960. godine. Godine 1965. Šeper je proglašen kardinalom.
Kao nadbiskup pokrenuo je Pastoralni tjedan za trajnu naobrazbu svećenika, osnovao katoličku novinsku kuću Glas koncila (1964) i Centar za koncilska istraživanja, dokumentaciju i informacije Kršćanska sadašnjost (1968). Kardinal Franjo Šeper sudjelovao je na Drugom vatikanskom koncilu.
Papa Pavao VI. imenovao ga je 1965. godine kardinalom, a bio je i predsjednik međunarodne teološke komisije, pročelnik rimskog zbora za nauk vjere (1968. – 1981.), te član brojnih vatikanskih vijeća i komisija.
Na drugom Vatikanskom koncilu zalagao se za uvođenje narodnog jezika u liturgiju, što je i prihvaćeno. Nakon što je 1968. došao na čelo Kongregacije za nauk vjere, sljedeće je godine dao ostavku na mjesto zagrebačkog nadbiskupa. Za novog nadbiskupa izabran je zatim Franjo Kuharić.
Kardinal Šeper umro je u Rimu 30. prosinca 1981. u 77. godini, nakon duge i uspješne crkvene karijere. Danas mu se posmrtni ostaci nalaze sahranjeni u zagrebačkoj katedrali, uz zemne ostatke Alojzija Stepinca.
