Dana 7. travnja 1348. godine izdana je povelja o osnivanju prvog sveučilišta na nekadašnjem njemačkom području. Zanimljivo je da se radi o sveučilištu u Pragu – poznatom Karlovom sveučilištu (češki Univerzita Karlova v Praze, latinski Universitas Carolina Pragensis).
Naime, Prag i Češka u to su doba bili u sastavu tzv. Svetog Rimskog Carstva Njemačke Narodnosti. Spomenuto Karlovo sveučilište najstarije je sveučilište u čitavoj Srednjoj Europi.
Osnovao ga je papa Klement VI. na zahtjev Karla IV. Luksemburškoga, po kojem je i dobilo ime. Karlo IV. Luksemburški bio je car Svetog Rimskog Carstva, a ujedno i češki kralj.
Prvi rektor bio je praški nadbiskup Ernst von Pardubitz (češki Arnošt z Pardubic). Između 1417. i 1622. Karlovo sveučilište u glavnom gradu Češke bilo je središte protestantskog pokreta.
Sveučilište je postalo bitan čimbenik kulturnoga i društvenog razvoja češkoga naroda. Imalo je 4 fakulteta: filozofski, pravni, medicinski i teološki.
Gubitkom češke samostalnosti (1620), habsburški car Ferdinand III. spojio ga je 1654. s isusovačkim sveučilištem i preimenovao u Karlovo i Ferdinandovo sveučilište; to je ime nosilo do 1918.
Nastavni jezik bio je do 1784. latinski, potom njemački; nastava na češkom jeziku počela je od 1791. Godine 1882. Karlovo sveučilište podijeljeno je na češko i njemačko. Za II. svjetskog rata bilo je zatvoreno, ponovno je počelo s radom 1945.