Dugovanja preuzeta od entitetskih carinskih uprava se odnose na razdoblje od 1996. – 2004. godine, a podrazumijevaju neizmirene dugove u postupcima koje su vodile Carinska uprava Federacije BiH i Republička uprava carina Republike Srpske.
Iznos ukupnih dugovanja preuzetih od strane entitetskih uprava iznosio je 142,2 milijuna KM.
Radi se o dugovanjima koja su utvrđena rješenjima u upravnom postupku, kao i rješenjima u prekršajnom postupku kod kojih su propisani kratki rokovi za naplatu, pa su samim tim bili zastarili prije formiranja Uprave za indirektno oporezivanje.
Pojedina dugovanja su utvrđivana pravnim osobama koja su davno prije formiranja UNO prestala da postoje, odnosno ista su deregistrirana kod nadležnih sudova, dio dugovanja koja se odnose na fizičke osobe nije bilo moguće naplatiti, jer je određeni broj dužnika u međuvremenu umro ili bio nedostupan.
Nakon stupanja na snagu zakonske legislative koja je obvezala UNO da objavi imena svih dužnika, a radi potpune transparentnosti u radu UNO, na službenoj web stranici Uprave, nalaze se spiskovi svih dužnika, pravnih i fizičkih osoba, koja nisu izmirila svoje obveze do kraja postojanja bivših entitetskih carinski uprava.
Iznos od 142,2 milijuna KM odnosi se na 5.301 dužnika, od čega se 139 milijuna KM odnosi na 1.788 pravne osobe, a 3,2 milijuna KM na 3.513 fizičke osobe. Iznos od 1,7 milijun KM je naplaćen i to 1,5 milijun KM od pravnih osoba i 0,2 milijuna KM od fizičkih osoba.
Za iznos od 62,4 milijuna KM proglašena je zastara, i to 60,7 milijuna KM za pravne osobe i 1,6 milijuna KM za fizičke osobe. Iznos od 25,3 milijuna KM je poništeno od čega 25,2 milijuna KM za pravne, 0,1 milijun KM za fizičke.
Za 2,2 milijuna KM postupak je obustavljen i to sve za pravne osobe. Ponovni postupak pokrenut je za iznos duga od 19,1 milijuna KM. Za dio istog je proglašena nesolventnost i nenaplativost.
Ukupan iznos duga za razdoblje 1996. - 2004. godine na razini UNOBiH, zaključno sa 31.1.2014. godine iznosi 31.877.719,33 KM, čija naplata je više nego neizvjesna jer dužnici više ne postoje odnosno ne posluju niti imaju imovine", stoji u priopćenju iz Uprave za neizravno oporezivanje BiH.