Dana 2. travnja 2005. godine u 21 sat i 37 minuta umro je papa sv. Ivan Pavao II., u svom stanu u Vatikanu. Uzrok smrti bio je zastoj srca uslijed hipotenzije i nedovoljne cirkulacije izazvane septičkim šokom.
Sepsa je, pak, bila uzrokovana ranijom urinarnom infekcijom. Posljednje papine riječi bile su na poljskom jeziku i glasile su: "Pozwólcie mi odejść do domu Ojca" (hrv. "Dozvolite mi otići u Očev dom.").
Nekoliko dana prije papa je primio bolesničko pomazanje od svog prijatelja i tajnika Poljaka Stanisława Dziwisza (danas kardinal nadbiskup Krakowa). Dok je papa umirao, deseci tisuća ljudi okupili su se na Trgu sv. Petra u Rimu. Papa je ostavio pisanu oporuku, u kojoj je izričito tražio da ne bude pokopan u lijesu, nego jednostavno u zemlju. Želja mu je ispunjena i pokopan je ispod crkve sv. Petra.
Na papinom sprovodu okupio se najveći broj stranih državnika u povijesti (više nego na ranijim sprovodima Tita i Churchilla). Ivan Pavao II. proglašen je blaženim 1. svibnja 2011. godine.
Papa Benedikt XVI. proglasio je 2011. svoga prethodnika Ivana Pavla II. blaženim, te odredio 22. listopada kao njegov spomendan-blagdan jer je toga dana Ivan Pavao II. održao prvu svetu misu kao papa, a papa Franjo, samo tri godine kasnije 2014. proglasio ga je svetim.
Njegovi posmrtni ostatci kasnije su iskopani i smješteni u jedan od oltara crkve sv. Petra u Vatikanu, kako bi se vjernicima olakšalo njegovo štovanje, čime je Crkva prekršila papinu posljednju želju.
Ivan Pavao II. postao je prvi papa ne-Talijan još od davne 1523. godine. Za svog je mandata proglasio 1.340 blaženika i 483 sveca, više nego svi njegovi prethodnici zajedno tijekom 500 godina. Imenovao je 231 novog kardinala.
Bio je prvi papa u povijesti koji je stupio u židovsku sinagogu i muslimansku džamiju. Poznat je i po tome što se ispričao za pogreške koje su katolici činili u prošlosti.
Tako se ispričao za katoličku umiješanost u trgovinu robljem, za proces protiv Galileja Galilea, za spaljivanja na lomači i vjerske ratove, te za neaktivnost i šutnju mnogih katolika za vrijeme Holokausta.
Papu Ivana Pavla II. smatra se izrazito zaslužnim u procesu rušenja komunističkih režima u srednjoj i istočnoj Europi.