U Mostaru je 1905. godine, na inicijativu prof. Kuštrebe, u prostorijama "Hrvoja" osnovan Đački športski klub. Sedam godina poslije, ovaj klub mijenja ime u Gimnazijalni športski klub Zrinski.
Prva zabilježena utakmica Zrinjskog u Mostaru je ona protiv Srednjoškolskog sportskog kluba Osman iz Sarajeva 1909. godine. Zrinjski i Osman su tada odigrali dvije utakmice koje su završile rezultatima 0:3 i 2:1.
Među prvim igračima Zrinjskog su zabilježeni Bruno Novak, Edo Novak, Rudolf Brozović, Slavko Jukić, Marko Suton, Željko Merdžo, Ante Merdžo, Mabid Pehlivanović, Ivan Bošnjak i Karlo Šmit.
Kako se u tom razdoblju nisu igrale službene utakmice, Zrinjski igra prijateljske utakmice s lokalnim timovima.
Zrinjskom je zabranjen rad 28. lipnja 1914., a 1917. se formira novi klub pod nazivom "Hercegovac" koji je sastavljen od igrača Zrinjskog i Hrvatskog radničkog omladinskog kluba. Hercegovac je prestao s radom 1918., a iz njega je nastao JŠK koji je djelovao do 1941. godine.
Zrinjski se ponovno aktivira 1922. godine, te u nedostatku službenog natjecanja igra prijateljske utakmice s Veležom, JŠK-om, te na gostovanjima u Čapljini i Dubrovniku, Sarajevu, Tivtu, Kotoru i Zagrebu. Za Zrinjski su tada, između ostalih, igrali: Vjekoslav Vrančić, Kazimir Vlaho, Živo Bebek, Rudi Janjušić, Husein Omerović, Milivoj Smoljan, Pero Golić, Mijo Miličević, Muhamed Omeragić, August Kučinović i Franjo Štimac.
Zrinjski je 1938. osvojio turnir u Mostaru na kojem su sudjelovali Sloga i Makabi iz Sarajeva, te Velež iz Mostara.
Prvo ligaško natjecanje u kojem je Zrinjski sudjelovao je prvenstvo NDH. Zrinjski je, uz sarajevski SAŠK i banjalučki Hrvoje činio bosanskohercegovački dio ovoga prvenstva koje je trajalo do 1944. godine.
Zrinjski je prestao s radom 1945. godine, a obnovljen je 1992. u Međugorju formiranjem inicijativnog odbora za pripremu obnoviteljske skupštine. Prvu generaciju Zrinjskog nakon obnove su činili: Slaven Musa, Ninoslav Kordić, Vladimir Vasilj, Goran Grubešić, Mile Zovko, Tihomir Bogdan, Nermin Mrgan, Mario Bušić, Domagoj Vlašić, Jasmin Memić, Tihomir Skoko, Adis Kodro, Ronald Hrkač, Mario Ivanković, Ivan Slišković, Ivo Oreč, Ivan Ivanković, Slaven Marijanović i Marko Zovko.
Zrinjski od tada sudjeluje u Prvoj nogometnoj ligi Herceg Bosne, a potom i u Premijer ligi BiH koju osvaja u sezonama 2004/05. i 2008/09. Igrači koji su nastupali za prvu šampionsku momčad Zrinjskog su: Zoran Rajović, Romeo Mitrović, Mislav Karoglan, Dušan Kerkez, Ivan Milas, Ricardo da Costa, Sulejman Smajić, Josip Papić, Velimir Vidić, Nusret Muslimović, Ivica Džidić i Zajko Zeba uz još nekoliko igrača koji nisu imali veću minutažu.
Bosanskohercegovački kup Zrinjski osvaja u sezoni 2007./08.
Prvo europsko natjecanje u kojem je sudjelovao Zrinjski je Inter-toto kup u koji se plasirao nakon razigravanja sa sarajevskim Đerzelezom 2000. godine. U prvom kolu je ispao od švedskog predstavnika Vastra Frolunda.
U ovom natjecanju, Zrinjski je igrao i 2006. pobijedivši malteški Marsaxlokk, ali je u nastavku natjecanja izgubio od izraelskog kluba Maccabi Petach Tikva.
U kupu UEFA, kasnije u pretkolima za Ligu Europe, Zrinjski je sudjelovao u sezonama 2008/09. i 2010/11. Prvi put je izbacio lihtenštajnski Vaduz, ali je u drugom pretkolu ispao od portugalske Brage. Poslije dvije godine, pobijedio je kazahstanski Tobol i sanmarineški Tre Penne, ali je u trećem pretkolu jači bio danski Odense.
Zrinjski je igrao pretkolo Lige prvaka 2005. godine s luksemburškim predstavnikom Dudelange i ispao rezultatima 1:0 i 0:4.
Četiri godine poslije, Zrinjski je u prvom pretkolu ovog natjecanja dva puta gubio od beogradskog Partizana, ali je ipak prošao dalje zbog kazne koju je Partizan dobio nakon navijačkih nereda. Zrinjskog je u drugom pretkolu iz natjecanja izbacio makedonski Rabotnički.
Zrinjski je drugi put nastupio u ovom natjecanju u sezoni 2009/10. i ispao je u drugom pretkolu od slovačkog Slovana.